2.1 Protocolos de estructura de carpetas reproducibles
Uno de los requisitos de la reproducibilidad es el orden de todos los documentos que componen un proyecto y que se encuentran interconectados entre sí. En un proyecto tenemos:
- datos
- datos procesados
- código de análisis
- manustritos
- presentaciones
- imágenes
- referencias
… entre otros. Ya que el orden de cada proyecto en general se basa en la lógica y costumbres personales, es muy difícil que alguien externo al proyecto pueda entender claramente cual es la racionalidad a la base del conjunto de archivos que componen un proyecto. Por tanto si se quiere reproducir un análisis, en general hay que contactar al investigador/a personalmente, pedirle que facilite los archivos y que expliqué que hizo y cómo lo hizo. Es decir, naturalmente no es una lógica reproducible.
Para permitir la reproducibilidad a veces se piensa que basta con compartir el código de análisis. Pero tal como refiere Peng(2011), este es un nivel muy bajo en el espectro de reproducibilidad.
(Peng, 2011)
Además del código por supuesto se requieren los datos, y en un nivel aún mejor el código y los datos vinculados para facilitar la labor de reproducibilidad. Para poder avanzar en esta dirección se han propuesto protocolos de trabajo que respeten ciertas bases mínimas de orden y lógica de archivos y carpetas. Uno de los principales es el proyecto TIER, que propone una estructura de orden de archivos y carpetas que facilitan la reproducibilidad, y que está orientado a la enseñanza de pregrado.
La estructura se resume en el siguiente esquema:
(Aquí IPO)