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citando-plano

Flujo Bibtex, Markdown / Latex y Zotero para generar documentos académicos con referencias bibliográficas

Objetivo: facilitar la inclusión de citas y referencias bibliográficas en documentos escritos en texto plano (Markdown / Latex).

Juan Carlos Castillo - Departamento de Sociología, Universidad de Chile http://www.jc-castillo.com/

Bibtex, Zotero y Beter BibTex (BBT)

La forma general como funciona la inclusión de referencias en texto plano (Latex/Markdown) es tenerlas almacenadas en formato Bibtex (archivos en extensión .bib). Este formato almacena las referencias en base a ciertos campos donde se incluye la información correspondiente. Por ejemplo:

@article{sabbagh_dimension_2003,
  title = {The Dimension of Social Solidarity in Distributive Justice},
  volume = {42},
  timestamp = {2014-09-26T12:30:41Z},
  number = {2},
  urldate = {2014-09-26},
  journal = {Social science information},
  author = {Sabbagh, Clara},
  year = {2003},
  pages = {255--276},
  file = {Snapshot:/storage/V5R7I29W/255.html:text/html},
  groups = {social justice theory,social justice theory}
}

Luego, en la primera línea aparece la “clave” (key) de la referencia (en este caso sabbagh_dimension_2003), que permite llamarla en el texto como veremos más adelante.

Por supuesto, almacenar manualmente referencias en este formato bib no es muy amigable. Si bien una serie de softwares de administración de referencias tienen la opción de convertir fácilmente la colección o parte de ella a formato .bib, el problema es que si se añade una referencia en el software, cada vez habría que convertir/sincronizar nuevamente a .bib para mantener esta base también actualizada. Por lo tanto, lo ideal sería que una colección .bib se actualizara automáticamente desde un software de gestión de referencias. La solución que por ahora se recomienda es usar la aplicación Better(bib)tex (BBT), que funciona dentro de Zotero (www.zotero.org). Ambos gratuitos y de código abierto, así que ok. BBT genera una colección .bib en base a librerías Zotero, se configura solo una vez y luego se mantiene sincronizada, para no preocuparse más del asunto.

Zotero / BBT: El funcionamiento de Zotero queda fuera del alcance de este tutorial, solo nos enfocaremos en el vínculo con BBT.

Sobre exportar referencias en trabajo colaborativo

Referenciando en TEX

  \usepackage{natbib} % for Bibtex
  \bibliographystyle{apalike}

\bibliography{micoleccion}

 \bibliography{../../bib/micoleccion}

Referenciando en Markdown

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bibliography:
- 'MyLibrary.bib'
---

---
bibliography:
- MyLibrary.bib
- csl: apa.csl
---

Markdown / Xaringan

Xaringan es una librería de R que permite generar presentaciones en html basadas en remark, que utiliza una estructura simple de markdown. Básicamente, lo que hace Remark es compilar un markdown + un poco de css a un html, y Xaringan se encarga de la parte css así que el usuario trabaja (casi) solo en markdown.

El problema: para generar el html no pasa por pandoc, así que no sigue la misma lógica de las citas de markdown. Pero … todo tiene una vuelta de tuerca, y en este caso se puede utilizando el paquete de R RefManageR.

  1. Indicar paquete y librería: en un chunk de setup luego del YAML header. La librería se indica con la función ReadBib de RefManageR (en este caso, en el mismo directorio, si no dar el path)
 ```{r setup, include=FALSE}
 options(htmltools.dir.version = TRUE)
 pacman::p_load(RefManageR)
 bib <- ReadBib("merit_pref_int.bib", check = FALSE)

  1. Para citar: los comandos básicos del RefManageR son Cite(), Citep() y Citet() (como en natbib), y en el paréntesis va el nombre del objeto generado antes y que contiene las referencias (bib) y la clave de la referencia como está en el Bibtex. Ejemplo: Cite(bib, “castillo_2018”). Ahora, como se trata de compilar a html sin pasar por pandoc, hay que dar la instrucción para que R/RefManageR hagan el trabajo, así que la cita se escribe en un mini-chunk de código: r Cite (bib, "castillo_2018")

  2. Para generar las referencias: en la lámina que corresponde, incluir:

```{r, results='asis', echo=FALSE}
PrintBibliography(bib)

Usando Atom para flujo de trabajo académico en texto plano con citas

Aquí hay tres cosas que ver: insertar, preview y convert

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bibliography:
- '/media/ntfs/Dropbox/zoterojcydocs/MyLibrary.bib'
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